Zunächst den Backofen auf 195–200 °C vorheizen und eine mindestens 25 cm × 35 cm große Auflaufform bereitstellen.

Die Zucchini abwaschen, grob reiben, salzen, in ein feines Sieb geben und abtropfen lassen (ca. 10 Minuten). Zwischendurch ein paarmal mit der Handfläche leicht auf die Zucchini drücken, damit das Wasser besser abfließt.

In der Zwischenzeit das Vollkornbaguette in kleine Würfel schneiden (ca. 1 cm × 1 cm) und in eine große Schüssel geben. 3 Eier, Milch, abgetropfte Zucchini, Backpulver, gemahlene Muskatnuss, Olivenöl, geriebenen Emmentaler, Salz und Pfeffer zum kleingeschnittenen Baguette geben und alles vermischen.

Die fertige Mischung in die bereitgestellte Auflaufform füllen, etwas festdrücken und bei 195–200 °C im vorgeheizten Backofen 40–45 Minuten backen.

Den fertig gebackenen Zucchiniauflauf in die einzelnen Portionen aufteilen und servieren.